Un torneo era lo que restaba en el contrato de Misael Domínguez con Cruz Azul. Sin embargo, tras las pláticas con la directiva, el juvenil ha sido adquirido por el conjunto celeste que hizo válida la opción de compra a Rayados.El club lo anunció en redes sociales con un mensaje alusivo al “Misaelismo”. Misael llegó al proyecto cementero en el verano del 2018 en calidad de préstamo por dos años y tras año y medio se ha convertido en uno de los juveniles más queridos por la afición. 

Si bien es catalogado como una joya de la cantera regia, además de ser Seleccionado Nacional, Misael Domínguez no ha tenido oportunidades en la cancha ni con Pedro Caixinha ni, actualmente, con Rober Dante Siboldi.